Im September 1996 ging das umgebaute Heizkraftwerk Jena-Süd mit 225 MW thermischer und 200 MW elektrischer Leistung in Betrieb. Nach der deutschen Einheit musste für die zentrale Wärmeversorgung der Stadt Jena eine neue Lösung gefunden werden. Hauptziele des Umbaus waren dabei die Einsparung von Primärenergie, die Reduktion von Emissionen, die Aufrechterhaltung der Fernwärmeversorgung während des Umbaus sowie die Realisierung eines wirtschaftlichen Anlagenkonzeptes. Als neuer Brennstoff wurde Erdgas anstatt der bisherigen Brennstoffe Schweröl und Braunkohle verwendet. Die Konzeption und Beschaffung der dafür erforderlichen GuD-Anlagen war ein Gemeinschaftsprojekt mit den Thüringer Kollegen. Der Einbau erfolgte unter schwierigen Bedingungen, da gleichzeitig die Versorgung der Stadt gewährleistet sein musste.

Heute ist das Kraftwerk im Eigentum der E.ON Thüringer Energie.